轉錄水平解析昆蟲病原線蟲共生菌菌株新型殺菌蛋白PPIA-L20基因表達調控——材料與方法
1 材料與方法
1.1 試驗材料
伯氏致病桿菌Xenorhabdus bovienii NN6菌株是本實驗室從斯氏線蟲Steinernema oregonense侵染致死的大臘螟血腔中分離鑒定的，菌種保存于實驗室-80 ℃超低溫冰箱中。尖孢鐮刀菌西瓜?；?Fusariurn oxysporum f. sp. niveum)的1號生理小種，由江蘇省農業科學院蔬菜所瓜類組提供。NBTA鑒別培養基:酵母提取物3 g·L-1，胰蛋白胨5 g·L-1，營養瓊脂(NA)20 g·L-1，2，3，5-三苯基氯化四氮唑(TTC)0.1 g·L-1，溴百里酚藍(BTB)0.025 g·L-1，丙酮酸鈉(SP)1 g·L-1。LB+SP液體培養基:酵母提取物5 g·L-1，胰蛋白胨10 g·L-1，NaCl 10 g·L-1，丙酮酸鈉(SP)1 g·L-1。YSG液體培養基:甘油6.9 g·L-1，大豆蛋白胨25.17 g·L-1，MgSO4·7H2O 1.57 g·L-1，(NH4)2SO4 2.55 g·L-1，KH2PO4 0.87 g·L-1，K2HPO4 1.11 g·L-1，Na2SO4 1.81 g·L-1。馬鈴薯培養基(PDA):馬鈴薯200 g·L-1，葡萄糖20 g·L-1，瓊脂15～18 g·L-1。PSA培養基:馬鈴薯蔗糖培養基粉末46 g·L-1。
1.2 試驗方法
1.2.1 共生菌的活化與發酵生長曲線的測定
從-80 ℃超低溫冰箱取出菌種在NBTA平板上劃線培養，72 h后接種藍綠色單菌落于LB+SP液體培養基中，28 ℃、180 r·min-1活化12 h。將活化好的菌液以5%(體積分數)的接種量加入200 mL YSG培養基(1 L容積錐形瓶)，28 ℃、150 r·min-1培養84 h。每4 h取1次樣，每次吸取1 mL菌液加入比色皿中，測定不同培養時間的菌液D600值，菌株生長進入穩定期后，每12 h測1次D600值，連續測量84 h，以時間為橫坐標，菌液的D600值為縱坐標。取各時間段的新鮮菌液1 mL，分別稀釋10、102、103、104、105、106、107，從稀釋好的菌液中吸取200 μL菌液到NBTA培養基，用玻璃棒涂布均勻后倒置于28 ℃培養箱中，待平板長出菌落，開始計數。每個稀釋濃度重復3次。
1.2.2 胞外粗蛋白的制備
使用硫酸銨沉淀法沉淀粗蛋白，將硫酸銨固體研磨成粉末，加入待沉淀溶液中，至硫酸銨飽和度分別達到10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%和100%。4 ℃靜置6 h，12 000 r·min-1離心20 min，得到的蛋白沉淀利用緩沖液復溶后透析除鹽，供后續試驗使用。
1.2.3 細菌總RNA提取、質量檢測和測序文庫構建
分別取1 mL不同發酵時間的新鮮菌液，加入1.5 mL滅菌離心管中，4 ℃、8 000 r·min-1離心20 min去除上清液。將離心管插入液氮中速凍。每個樣品重復收集3份保存于-80 ℃冰箱。樣品在液氮中充分研磨破壞細菌細胞壁，加入700 μL Trizol充分混合，劇烈振蕩，靜置5～15 min。加入200 μL氯仿(除去蛋白)劇烈振蕩，靜置5 min。4 ℃、12 000 r·min-1離心15 min。小心吸取600 μL上清液(不能吸到中間層蛋白)，加入等體積異丙醇(沉淀RNA)緩慢搖勻，-20 ℃靜置30 min。離心機4 ℃預冷，12 000 r·min-1離心5 min，棄上清液。加入400 μL 75%(體積分數)乙醇顛倒4次清洗，12 000 r·min-1離心5 min，棄上清液，離心管傾斜放在超凈臺吹干，每管加入40 μL RNAase free H2O振蕩搖勻，10 000 r·min-1 離心3 min。通過微量分光光度計NanoDrop測定RNA溶液的濃度和純度。將提取的RNA迅速放置液氮中冷凍，委托北京諾禾致源科技股份有限公司完成測序和文庫構建，并使用Illumina測序儀進行測序。
1.2.4 內參引物和qPCR引物設計
內參基因選擇16S rRNA和ropB，利用Primer-BLAST軟件，設計引物序列。引物由生工生物工程(上海)有限公司合成。內參引物序列見表1。
表1 RT-qPCR內參引物序列
1.2.5 測序數據分析和差異表達基因的篩選
測序數據已上傳至National Center Biotechnology Information(NCBI)的SRA數據庫(查詢號:PRJNA1047324)。測序平臺為Illumina Novaseq6000，利用Hisat 2軟件將測序數據與參考基因組進行序列比對; 采用fastp軟件對原始數據進行質量預處理，并對整個質控過程中的reads進行統計匯總。采用DESeq篩選差異表達基因。
1.2.6 差異表達基因的GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析
富集分析采用BLAST2GO和topGOR包進行GO功能分析，得到所有顯著性差異基因、上調差異基因以及下調差異基因富集的功能模塊并繪圖; 利用KEGG數據庫對差異蛋白編碼基因進行pathway分析(結合KEGG注釋結果)，并用超幾何分布檢驗方法計算每個pathway條目中差異基因富集的顯著性。
1.2.7 實時定量PCR分析
選取部分基因通過Real-time PCR對轉錄組結果進行驗證，利用反轉錄試劑盒(ATG巨匠)對1.2.3節中獲得的RNA進行反轉錄，得到的cDNA采用核酸定量儀Thermo Scientific NANO-Drop1000(NanoDrop Technologies，USA)進行定量，Real-time PCR靶標基因和所用引物見表2。在RNase-free離心管中配制如下混合液:RNase Free ddH2O、4 × gDNA wiper Mix、RNA template混合，用移液器輕輕吹打混勻，42 ℃加熱2 min去除模板中的DNA。5 × ATGScriptTM RT Mix與反應液混合成20 μL反應體系，50 ℃反應15 min，85 ℃反應2 min。每個樣本3個重復。
表2 RT-qPCR引物序列
1.3 數據統計與相關性分析
使用Prism 8.0(Graphpad)軟件進行數據統計分析，所有統計數據均表示為平均值±標準差。采用Student's t-test檢驗， P<0.05被認為具有統計學意義。采用SPSS Statistics 26進行變量間相關性分析。兩變量間相關性以Pearson相關系數r表示。
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